劉少奇回到延安的3個月后，中共中央政治局通過重大調整決議，推定毛澤東為政治局主席和中央書記處主席，劉少奇為軍委副主席。由此，劉少奇成為了以毛澤東為核心的中共第一代領導集體的重要成員。

1943年，世界反法西斯戰爭的形勢開始好轉，中國的抗戰也度過了最艱難時期。劉少奇一邊繼續指導華中斗爭，一邊投身正在全黨展開的整風運動，他所著的《論共產黨員的修養》被列入整風學習的主要文件。劉少奇指出，共產黨人必須要學會鑒別真假馬克思主義，毛澤東要求全黨要懲前弊后，治病救人，只有黨的作風正派，共產黨才能和群眾一起建立抗日民族統一戰線。

蔣介石獲悉共產黨主要領導人劉少奇從江蘇跑回了延安，大發雷霆，責令免去桑伯良副主任職務，專門留在情報組研究中共。他不解為什么連自己派的聯絡人徐參謀都在說劉少奇的好話。

徐參謀在延安讀了《整風文獻》后，中肯地告訴毛澤東，相比起共產黨，已經半身不遂的國民黨和政府軍望塵莫及，他言明自己是三民主義信徒，對國共黨爭素無成見，但認為劉少奇寫的《論共產黨人的修養》極好，愿登門賜教。很快，劉少奇得知后親自登門拜訪了徐參謀，徐參謀恭敬地向劉少奇行了師禮求教，稱自己雖為國民黨軍官，但自幼受父親傳統思想熏陶，認為劉少奇的文章充滿了華夏民族人文精神和感召力，他特意做了摘抄。他年輕時也讀過馬克思恩格斯和共產主義的書，但后來放棄了，劉少奇說起徐參謀的經歷和自己已是少將的昔日同窗十分相似。

1943初夏，期大林與共產國際為適應反法西斯戰爭的發展，促進美英等國開辟第二戰場，并便于各國共產黨獨立自主地處理問題，做出了解散共產國際的決定。蔣介石得知消息欣喜若狂，立即下令實行政令統一軍令統一，強制解散中國共產黨。

王稼祥和劉少奇討論當前應以毛澤東思想為基礎，將馬克主義中國化具體化，形成系統的理論體系。這時小鐘心急火燎地向劉少奇求救，當初與他一起從長汀出來的十六人只剩下了四人，其中一人現在當了團長思想上卻開了小差，馬上要拉去槍斃，劉少奇下令不要草率處理。他理解中國共產黨一直有個司令部在莫斯科，而現在共產國際解散了部分同志會六神無主。他和王嫁祥一致認為，中國革命經過二十二年磨的歷，應確立毛澤東是中國共產黨人最正確的領袖，中國共產黨應高高舉起自己旗幟，奪取抗戰的勝利。

蔣介石密電胡宗南，利用共產國際解散的良好時機閃擊延安，一舉攻占陜甘寧邊區。一個月內完成部署。此時在延安的徐參謀聽到有人罵了蔣介石幾句便絕食抗議，毛澤東反問胡宗南已喊出了寧不抗日也要反共的口號，自己又當如何？徐參謀無言以對，毛澤東讓他給蔣介石帶話，：蔣介石不相信天上會出兩個太陽，毛澤東要給他看看，再過五到八年，看虎死誰手。

蔣介石聽了徐參謀帶回來的話后大為惱火，徐參謀坦言，若不改造國民黨，國民政府決無政治前途。此時蔣介石又收到了美英國家對其停止軍事援助的電報，他下令徐副官和桑伯良一起做中共研究。而此時狂妄的日軍正秘密制訂作戰計劃，企圖打通縱貫南北的交通線。

徐副官向桑伯良說起了劉少奇，桑伯良不愿多談。此后，蔣介石掀起多路進攻八路軍新四軍的攻勢，因中共的有力應對和國際輿論的影響，蔣介石被迫暫停了消滅中共的幻想。

1944年4月至1945年2月期間，日軍為打通從中國華北到越南的交通線，于河南、湖南和廣西發動大規模攻勢，即一號作戰計劃，中國在豫湘桂戰場上損兵約六十萬，四個省會和一百四十多座城池失守，喪失國二十多萬平方公里。而中國共產黨在華北華中地區解放了十幾個大區域，毛澤東致電全軍全黨，解放區要向日軍的敵后方大膽挺進，把國民黨丟掉的區域都奪回來。劉少奇建議新四軍八路軍部隊更名為解放軍，毛澤東認為極好。

1945年4月，中共七大在延安召開。在七大會議上，會議號召，解放區軍民實施軍事戰略改變和全面反攻。劉少奇作《關于修改黨章的報告》，第一次對毛澤東思想做了完整概括和系統闡述。劉少奇當選為中央委員，并在七屆一中全會當選為政治局委員和軍委副主席，自此以毛澤東為核心，以劉少奇、周恩來朱德等同為書記處成員的第一代領導集體正式形成。另一邊的蔣介石收集到七大材料后，命徐參謀交到中央黨部。

1945年8月，蘇聯紅軍對中國東北的侵華日軍發起總攻，日本關東軍迅速土崩瓦解。美軍在日本長崎投下第二枚原子彈，造成毀滅性傷亡。得知這一消息的中共領導人喜極而泣，毛澤東立即發電全國，動員一切力量組織全國規模的大反攻，舉行對日最后一戰。蔣介石命令日軍駐華指揮官維持現狀，國民黨軍隊向日軍積極推進。

1945年8月25日，共產黨借用美軍駐延安觀察組的運輸飛機，將劉伯誠、陳毅、林彪、鄧小平等二十余名黨政軍領導送往位于太行山的長寧機場，對便他們及時奔走前線，指揮對日偽軍殘余力量的最后一擊。

蔣介石迫于美國、英國和斯大林的壓力，綜合共產黨在華北華中地區的實力，不得已擬電邀請毛澤東去重慶談判，共商和平大計。毛澤東提議在他去重慶期間，由劉少奇代理他的職務。