曹操又開始頭疼時，下人給他送來茶水，他突然認出端盆的下人正是那天試麻沸散的人，他被曹丕砍斷的手腕綁著繃帶還在滲血。曹操見他安然無恙才知道錯怪了華佗。這時有下人來報說曹沖病危。曹操連忙趕去，曹沖已奄奄一息。曹操命人趕緊傳華佗，一旁的吳成告訴曹操華佗已死。曹操大怒，痛斥曹丕乘自己酒后亂言假傳命令，下令要將曹丕處決。

小甄作為太醫一直站在一旁，此時他突然站出來為曹丕說情，說他都是受了吳成的蒙蔽。他痛斥吳成是個卑鄙的小人。他說吳成把天來暗插在父親身邊，以致害死父親同時置曹操當時處于危險境地。吳成巧言令色百般狡辯，小甄頓時啞口無言。哪知曹操之前從天來那里已經得知了詳情，知道小甄所言非虛，他怒斥吳成要殺了他。吳成走到窮途末路向曹丕求救，曹丕如今自身難保趕忙與吳成撇清關系。吳成被侍衛拖了出去。

此時華佗已被拖至刑場，在路上他遇到了雙目失明行乞的甄依柳。華佗為了給她生的希望，謊稱自己要陪魏王出征，等他回來幫她治好眼睛。甄依柳頓時燃起新的希望。吳成在被拖到刑場的路上，眾太醫向路人陳述吳成的罪行，太醫們和路人紛紛向吳成投菜葉和雜物，吳成如過街老鼠一般。

刑場上，華佗和吳成這一對冤家相遇，真是事事難料，他們最后竟然還結伴而行。眾鄉親自發地到刑場集體跪地向行刑官求情，讓他幫華佗說情。獄卒帶著明心趕到，在眾人的哀求下，監斬官允許華佗為明心拆下眼上的紗布。明心重見光明，但華佗卻即將被處斬。兩人好不容易盼到的幸福轉瞬即逝。這時獄卒跪地向華佗認錯，他沒有保管好《青囊經》以致只剩半部。華佗坦言，只要心存一顆治病救人之心，這尚存的半部經書足矣。接著華佗曾幫助過的鐵匠以及在曹操營中救過的大寶，他們和獄卒一起三人齊刷刷地跪地向華佗表示愿意拜他為師學習他的仁心仁術。華佗甚感欣慰。

而跪在華佗旁邊的吳成沒有一個人為他送行。這時甄依柳從人群中擠出來，她抱著一壇酒來為吳成送行。她恨吳成，可同時她在名義上還是吳成的妻子。她的仁義之舉終于讓吳成流下了悔恨的淚水。明心扶持著甄依柳，讓她和自己一起好好地活下去。

吳成直到最后一刻才認識到自己的錯誤，才感慨自己機關算盡壞事做盡得到的一切都成了過眼云煙，到現在自己回到起點一無所有。他希望華佗死后見到惠娘能幫自己說一聲對不起。華佗含笑看著吳成，雖然他們都將走到生命終點，但最后一刻吳成能悔過他也覺得善莫大焉。此時，時辰已到行刑官宣布行刑。

曹操在此后的太醫甄選時告誡新晉的太醫們，醫術很重要，醫德卻更重要，只有心懷天下蒼生，將患者看作自己的父母兄弟姐妹或兒女，才會在醫治患者時有眾生平等之心。眾太醫受益匪淺。

華佗臨刑前收下的幾個徒弟果然如他們所言，潛心學醫，懸壺濟世，造福四方蒼生。一日，一醫者背著行囊在路上行走，看背影似是過去四處游歷行醫的華佗。等他回過頭來竟然真的是須發皆白的“平生只有兩行淚，半為蒼生半美人”的華佗！

（全劇終）