周瑜的士兵見華佗帶著一幫下人在練五禽戲，并將他們帶到戶外練習，于是準備向周瑜稟報，誰知此時周瑜正在議事，屬下只得等在旁邊。等周瑜議完事聽了屬下的匯報大發雷霆，趕緊派人追趕。此時華佗果然帶著靈兒和天來逃跑，華佗準備渡江去曹營中治療瘟疫。哪知天來突然打暈華佗并將他捆了起來。華佗蘇醒后天來跪在他面前，他希望華佗原諒他的不得已行為，因為曹操與他有不共戴天之仇，自己又沒有能力殺曹操，所以他不希望華佗去給曹營的官兵治病，哪怕將來曹操死后自己以命抵那些無辜官兵的性命。華佗說服不了天來急的正不知如何是好時，走散了的靈兒這時找到華佗和天來藏身的山洞，靈兒也支持華佗的觀念，于是三人劇烈爭執起來。爭吵聲驚動了正在樹林巡邏的夏候勇，夏候勇看到天來正要殺他，華佗拼命救下天來。東吳的追兵也已趕來，夏候勇想帶著華佗撤離。在與東吳追兵爭斗間，天來和靈兒失足跌下山坡，夏候勇拼命救出了華佗。

華佗到了曹營，面對曹操還是他的那一番勸曹操不要殺戮的言辭。曹操為了治療瘟疫讓軍營的太醫們都到了議事大廳，結果華佗很直接的讓吳成出去，自己不愿與他為伍，因為像他那種讓病尸隨江而下感染更多人的行為不僅沒有醫德連人性都沒有了。吳成氣的火冒三丈，無奈華佗堅持曹操支持，吳成只得悻悻而走。

曹營得瘟疫的官兵得到華佗的醫治很快轉危為安，眾將士對華佗感恩戴德。這一次前方打仗受傷的士兵因重傷在華佗面前眼睜睜地死掉，再加上吳成的冷嘲熱諷，華佗意識到自己改變不了時局，不能阻止殺戮，做不了蒼生大醫，內心非常失落。因為曹營里瘟疫已治好，華佗想離開曹營，曹操苦勸后稱曹營中還有一人生病，所以他不能離開。

華佗在給病人劉二寶醫治時，發現劉二寶其實沒有病，原來他就是東吳劉奶奶的二兒子。他因大哥得瘟疫而死，家中老母無人奉養，所以才讓華佗幫他裝病想避開戰爭。吳成得知這個消息后向曹操告密，曹操對劉二寶臨陣脫逃擾亂軍心的行為大怒，他對劉二寶進行了嚴懲。華佗已對曹操徹底失望，于是離開了曹操準備回到家鄉。

華佗回到家鄉，看到了闊別已久的明心，明心面對華佗更是百感交集，兩人淚如雨下。華佗見沸兒老是被別人欺負，于是教他學五禽戲強身健體。天來和靈兒準備回譙郡找華佗，兩人走到城門口被守城侍衛追殺。他們最后跳入潭中才逃脫出來。