華佗為周瑜醫治失眠彼有奇效，周瑜非常滿意，因為他廣招名醫都沒有醫治好，華佗手到病除讓他免除了多日來失眠的痛苦。這時有屬下來報，稱曹操軍營中出現瘟疫，曹操十分的頭痛。周瑜卻覺得這是難得的出兵滅曹的時機。華佗乘機讓周瑜放棄殺戮，稱只有這樣才會心平氣和，也才不會再失眠。但周瑜否定了他的建議。

曹操營帳之內是人心惶惶，眼看大敵當前軍營卻生瘟疫，如此必將不戰而敗。曹操質問吳成，吳成誠惶誠恐地回答若要治愈最少要半個月之久，曹操大怒。于是吳成建議將患病的將士尸體丟入江中，讓他們隨江而下流入東吳，將瘟疫帶進東吳。曹操對吳成生為醫者卻生出如會危害更多人性命的念頭側目。但為了戰事曹操還是接受了吳成的建議。

華佗為周瑜治療失眠后提出要前往曹營救治受瘟疫感染的將士，因為在他眼里只有病患，沒有敵我。周瑜非常生氣，此時有屬下來報，臨江邊的村民受瘟疫感染。華佗自愿到村子里去治療瘟疫，周瑜卻不想村民將瘟疫帶入軍營，想封閉村子，情況不對時就焚燒了整個村子。既便如此，華佗還是準備前往村落，靈兒也不顧華佗的阻止堅持跟他去了村子。周瑜手下大將奉周瑜命令，給華佗三天時間，三天之后會屠村。華佗義無反顧地進到村子。

有些村民十分的恐慌，開始往村外逃竄，結果被守在村外的官兵用箭射死。其他村民絕望之時得知華佗是專門來醫治瘟疫的大夫重又燃起生的希望。這時有村民發現江邊漂流過來的尸體。經辨認是曹軍士兵的尸體，靈兒建議大家將曹軍的尸體全部燒掉，防止尸體往下流污染下游的村落。結果在處理尸體時，村里的劉奶奶發現了孫子大寶的尸體，哭的死去活來。靈兒去劉奶奶家照顧她時，劉奶奶認出她手上獨特的手鐲。原來靈兒的母親是個大家閨秀，當年與一個軍官私奔有了靈兒后因未婚先孕后遭到家族的排擠，最后因為身體羸弱生病去世，那個軍官劉奶奶也不知姓名，只知道他擅長丹青。靈兒沒有問到父母的下落，很失望。

天來聽說華佗在瘟疫村有可能被燒村，著急的趕緊過去幫忙。守村將軍托天來帶話給華佗，可以在晚上偷偷放他出村，但村民們卻要被燒死。天來知道華佗的秉性，一口回絕了將軍。哪知華佗卻提出自己愿意出村，他要利用將軍的士兵搬運草藥，表面用來燒村，實際是將草藥點燃煙醺去除瘟疫。此舉既除了瘟疫又保全了全村村民的性命。周瑜非常高興要給華佗賞賜，華佗什么也不要，只提出準許他過江。但周瑜卻不允許，因為他知道華佗會去曹營救那些得瘟疫的曹兵。于是他便將華佗軟禁起來。

曹操得知華佗三日內便幫江東除了瘟疫，對吳成一干人等非常生氣。吳成得知華佗又一次搶了他的風頭，吃驚又不甘。此時華佗因為被軟禁，便在住處教下人們一些五禽戲。周瑜過來看到后十分不解，但聽華佗說可以強身分體，便吩咐下人們好好學習。