郭靖和黃蓉在街上尋到柯鎮(zhèn)惡，柯鎮(zhèn)惡一見黃蓉就想殺了對方，郭靖為了護著黃蓉只能出手阻攔，柯鎮(zhèn)惡大罵郭靖忘恩負義、欺師滅祖，洪七公趕來此處為郭靖求情，柯鎮(zhèn)惡告訴郭靖如果他還念著江南七怪的恩情，就殺了黃藥師和黃蓉，若不肯師徒恩義就此一刀兩斷。柯鎮(zhèn)惡急火攻心之下吐血昏倒，郭靖連忙將師父帶到客棧休息。

洪七公讓郭靖和黃蓉回桃花島問清事情真相，柯鎮(zhèn)惡這里有他和周伯通看顧，郭靖臨別之前將段皇爺翻譯的九陰真經(jīng)交給洪七公，讓洪七公修煉此功來修復(fù)奇經(jīng)八脈恢復(fù)功夫。

郭靖和黃蓉來到桃花島，在黃蓉母親的墓地發(fā)現(xiàn)了江南五怪其他師父們的遺體，黃蓉遍尋島上沒有發(fā)現(xiàn)爹爹黃藥師的蹤跡，郭靖懷疑是黃藥師用九陰白骨爪殺了他的師父們，黃蓉認為黃藥師如今生死未知，郭靖憑什么遷罪于自己爹爹。黃蓉希望郭靖能冷靜一些，待找到黃藥師之后再下定論。

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情緒奔潰的郭靖想要親手將師父們埋葬，恰在此時他聽到是四師父的聲音，瘋癲的四師父臨終前恢復(fù)神志，本想告訴郭靖誰是害死他們的兇手，但最終未能給出完整信息，郭靖卻認定殺人兇手就是黃藥師。郭靖雖然知道黃蓉?zé)o辜，但是如今她是自己的仇人之女，郭靖無法再和黃蓉在一起。

黃蓉拿出島上的醉生夢死酒，讓郭靖喝過酒后忘記自己，去尋她爹爹報仇，甚至回草原做金刀駙馬。郭靖表示如果有一天自己死于黃藥師之手，也希望黃蓉不要難過。郭靖埋葬好師父們，與黃蓉斷情打算就此離開桃花島。郭靖離島時碰上全真教等人，全真教等人得知江南五怪慘死桃花島，也準備去尋黃藥師報仇。

全真教廣發(fā)英雄帖約黃藥師一戰(zhàn)，黃藥師得信后來赴約，但是全真七子壓根不是黃藥師的對手，柯鎮(zhèn)惡也來為兄弟們報仇，洪七公攔住郭靖，表示黃藥師不是濫殺無辜之人，如今能不殺柯鎮(zhèn)惡和全真教之人，說明他并非是殺害江南五怪得兇手，如今郭靖氣怒之下不愿相信，始終將黃藥師視為仇敵。

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郭靖補上天罡北斗陣，聯(lián)手全真七子向黃藥師報仇，黃藥師不懼幾人，馬鈺質(zhì)問黃藥師可曾殺害譚師弟和周伯通師叔，黃藥師不屑解釋，郭靖卻出面告訴眾人譚道長死于歐陽鋒之手，而周伯通也沒有死。如今全真教與黃藥師的仇也算了了，郭靖打算單獨和黃藥師算師父們的仇，黃藥師并不承認殺了江南五怪，黃蓉來此為爹爹解釋，她知道黃藥師不會殺了江南五怪。洪七公出面勸說眾人暫時休戰(zhàn)，莫要讓外人看中原武林的笑話。

洪七公不相信黃藥師殺了江南五怪，勸說郭靖將此事查清楚，而黃藥師也到此時才得知有人趁他不在桃花島將江南五怪盡數(shù)殺了誣陷自己。完顏洪烈、歐陽鋒帶著楊康等人來到醉仙樓，丘處機要殺了楊康這個認賊作父之人，全真七子和歐陽鋒相對，郭靖在黃蓉的有意激將之下，也下場同全真七子一同作戰(zhàn)。楊康和王府四大高手聯(lián)手對付柯鎮(zhèn)惡，眼見柯鎮(zhèn)惡受傷，黃蓉現(xiàn)身救下柯鎮(zhèn)惡。

郭靖與歐陽鋒對陣中途周伯通也趕來相助，周伯通看到歐陽鋒欺負全真教師侄和郭靖，卻不想歐陽鋒壓根不愿和他對陣，直接退場離開。隨后完顏洪烈命令金兵圍攻眾人，大家只好暫時躲進醉仙樓。楊康逼迫郭靖交出武穆遺書，郭靖不愿連累大家，準備自己出去周旋，讓馬鈺道長帶著武穆遺書和大家離開此處。黃蓉不舍郭靖出去送死，全真教也愿意留下相助，黃藥師索性提議和洪七公一同出去對陣，不想柯鎮(zhèn)惡提出新的辦法能救大家出去。