地球,2089年。某次在英國蘇格蘭斯凱島的考古發掘中發現的一件外星文明的遺跡,原來地球上的人類其實是被一種更高級的外星種族制造出來的,而這個外星種族就是當年在第一部《異形》電影里出現的異形飛船上的“宇航員”(space jockeys)那個種族。他們還改造了地球環境以使之適合人類生存。這個外星種族被人類當作神和上帝來崇拜,并被世界各地的人們編成了神話世代流傳。
當人類在這些超古代文明中發現了他們星球的坐標后,為了與自己的創造者進行第一次接觸,人類造出了“普羅米修斯”號飛船,飛向這個星球,我們稱之為“天堂”(Paradise)的星球。
“天堂”位于Zeta Riticuli星系,人類花費兩年多的時間終于來到了“天堂”但是等待他們的并不是熱烈的歡迎,而是殘酷的考驗,在地下洞穴中人類發現了造物者們的遺骸,在遺骸中確認了人類與創造者之間的基因聯系,但隨后也在洞穴中發現了有機物質,且有機物質開始變異,形成早期生命體狀態,并且開始襲擊人類。
而后人類在人造人大衛的帶領下發現了原來這洞穴是一個宇宙飛船,而且造物者中還有存活者,但在人類與造物者接觸后卻遭到了造物者的襲擊,并且發現這些有機物質都是生物武器,而創造者的最終目的地居然是地球,為了防止這些可怕地生物武器前往地球,于是人類用普羅米修斯飛船撞毀了升空起飛準備飛往地球的創造者飛船。
最后剩余的人類(shaw)與某位造物者搏斗,搏斗中造物者被有機生命體抓住后寄生,人類(shaw)乘機逃出,與人造人大衛飛往真正的造物者星球,而最后那個被寄生的造物者胸腔中生出了第一只異形。