上集說到NEO同學終于意識到自己的能力和使命,在中彈“復活”的同時,他也變成了無所不能“救世主”。結尾的“飛升”象征著人類超級英雄的誕生:NEO將帶領錫安基地的人民,打響對機器世界的反擊戰,并將以勝利者的姿態結束這場戰斗,還人類以自由之身。他的使命會實現嗎?矩陣會那么甘心被摧毀嗎?
實際上,整個《重裝上陣》是NEO探尋自己使命背后真相的過程,他要為自己的行動尋找一個可以接受的理由。在上集打敗密探史密斯、救出墨菲斯之后,NEO隨同親密愛人翠尼蒂和其他戰友一起,乘坐Nebuchadnezzar號飛船返回地球上最后一個人類據點——錫安基地。在那里,他們和其他自由戰士們聚集到了一起,其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奧比美眉。另外,基地的政治家們也上場了。
就在這時,矩陣系統決定“先下手為強”,派遣了為數250000的電子烏賊大軍,開始進攻錫安基地,積弱的基地防守力量根本不足以對抗如此強大的機甲兵團,看來人類最后的香火也岌岌可危;當然,墨菲斯他們的飛船上有各種各樣的資料,自然少不了中國那幾本名為《左傳》《史記》之類古籍的電子版本,NEO他們一下便想到了“圍魏救趙”的良策,決定再次潛入矩陣,從內部破壞它,最后達到消滅機甲兵團的目的……