801潛艇遠航開始，所有學員們都帶著親人、朋友還有愛人的牽掛再次遠航，這將是一次時間與耐力的考驗，對于所有人來說都是一場自己與自己的戰斗。潛艇根據指示已經進入預定航道，在進行測試過程中，潛艇員匯報五艙出現了液壓系統故障，尚堂請示前去查看，等尚堂到了五艙查看發現，液壓系統是因為受到海底高壓的影響出現了故障，尚堂跟周艇長匯報，得到周艇長指示后，開始及時搶修。周艇長安慰大家情緒道，五艙出現問題就說明801潛艇還有不足之處，但是大家要堅定信心，相信身邊的戰友，相信國家，一定能完成好這次深潛任務。

隨著潛艇不斷深潛，已經成功到達五號海域，此時尚堂已經維修好五艙的液壓系統，鹿寧通過聲吶發現海面上有不明艦體的航行噪音，周艇長指揮潛艇繼續下潛，并發射魚雷干擾彈擊退不明艦體，過了片刻，鹿寧告訴大家，不明艦體已經遠離，眾人高興不已，801潛艇慢慢浮出海面。

周艇長和盧一濤出了潛艇艙，站在潛艇上面，周艇長問盧一濤，看著大海他心中在想些什么，盧一濤如實說，自己看著大海，就覺得一望無際，沒有邊界，周艇長笑道，大海是有盡頭的，只要一直按照航線向前，盧一濤沉思片刻告訴周艇長，自己現在只要看到大海，就會覺得呂艇長還在自己身邊，周艇長很欣慰盧一濤如此重情重義，也堅信呂艇長不會看錯人，周艇長告訴盧一濤，接下來的長航將會考驗大家的欲望和耐力，要盧一濤適時的將子晴給的錦囊妙計傳達給大家。

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長航第15天，姜耀的情緒開始不穩定，韓冰洋目前狀態還很好，盧一濤安慰姜耀道，長時間的航行焦躁是正常的，可是姜耀不愿意承認自己焦躁，韓冰洋和盧一濤在旁邊鼓勵姜耀，進入潛艇，所有人都是血脈相連的，他們是一個整體，不可分割。

時間繼續推移著，長航進入第二十五填，盧一濤發現席楠已經一整天不吃東西了，他去跟政委匯報，政委說長時間航行厭食是正常現象，盧一濤將子晴交給他的第一個信封交給政委，政委讓盧一濤帶著席楠先去餐廳吧。晚飯時間，大家都聚集在餐廳，政委通過廣播向大家傳達了這段時間對大家艱苦耐勞精神的肯定，并說自己為大家準備了一份禮物，讓大家靜靜的聆聽來自龍宮的深海之音，政委聲音落下，韓冰洋的琴聲隨著廣播徐徐傳出，悠揚的旋律如同母親般溫柔的手，漸漸撫慰了大家焦躁的內心，席楠聽著音樂，覺得自己慢慢有了食欲，終于可以吃得下去飯了，盧一濤松了口氣。

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長航已經五十天了，鹿寧已經兩天兩夜不合眼了，尚堂問他有沒有聽過音樂，盧一濤無奈道韓冰洋的手都快拉斷了，可是什么效果都沒有，盧一濤決定拿出子晴的第二封信，信上只寫了一個字：動，盧一濤和尚堂理解了子晴的意思，于是帶著大家伙開始做運動，運動使大家的身體得到了放松，鹿寧終于能閉上眼睛好好睡一覺了。

盧一濤和尚堂兩人還在較量著俯臥撐，最后尚堂還是不敵盧一濤，兩人累癱在地，盧一濤把最后一封信交給了尚堂，尚堂直問他這么做會不會后悔，盧一濤說出自己心里話，人生就是一個又一個的選擇，但是自己絕不后悔，尚堂打趣他說以后要是自己和子晴有什么緊張，他可別后悔。

司令將金子晴和沈文叫到辦公室，說這次長航因為條件不允許所以沒有讓她們去，現在讓他們去801艇即將到達的目標港口，在方舟號醫療船上為他們進行一次全面的體檢和心理評估。兩人保證一定完成任務。

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長航九十天，當周艇長宣布了這個九十天已經打破了中國海軍長航的記錄時，大家興奮極了。周艇長說大家都承受了巨大的壓力，同樣的機器設備也是一樣的，越是這種極限的時候，機器設備出現故障的幾率就越大，需要大家繼續保持高度的警惕。

周艇長宣布801艇即將停靠目標港口進行補給和維修，所有的官兵都將分批接受身體檢查和心里評估。高迪一高興，撞在桌子上把腦袋撞傷了。

在經過了九十天的長航后，大家終于第一次感受到了陽光照耀在身上的溫暖。大家分開進行身體檢查。金子晴和盧一濤在電梯遇到，兩人坦然地相互問好，盧一濤說自己一切良好，子晴很欣慰。姜耀找到金子晴，說自己這次長航是一個很特別的體驗，出發前先寫好自己的遺書，明明自己還活在這個世界上，但是已經安排好自己以后的生活。姜耀將自己和父母關系的不好的事情告訴了金子晴，說自己發現最擔心的其實就是父母和小夏。金子晴讓他回去后就和父母和好，只要是他開口，父母一定很高興的。金子晴找到尚堂，讓他等著晚上結束工作后來找自己。尚堂高興不已，被治療的醫生調侃。

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鹿寧借口自己胸悶想要沈文給自己檢查一下，被韓冰洋不留情面的拆穿了。高迪躺在病床上，沈文來看他，兩人發現竟然是老鄉，相談甚歡，不料被習楠中途截胡，把沈文帶走了，高迪郁悶不已。習楠說自己在長航的最后都快忘了怎么表達了，但是現在就想把三個月都沒有說的話全部說完，沈文笑著說洗耳恭聽。