所有事情的起因還要從2004年，孫晨被捕后說(shuō)起。原本李瀾和杜朝陽(yáng)計(jì)劃產(chǎn)品銷(xiāo)售后，化工廠就申請(qǐng)破產(chǎn)，逃避責(zé)任。可偏偏付吉亮接到一通威脅電話，打電話的是一家科技公司，他們對(duì)化工廠里的事一清二楚。因?yàn)閷O晨掌握著某種分子式，該公司又急需孫晨協(xié)助研發(fā)藥物。故而威脅李瀾三人，還孫晨清白。

無(wú)奈之下，杜朝陽(yáng)出面，對(duì)警方謊稱是他經(jīng)廠長(zhǎng)的手，把錢(qián)借給孫晨，偷竊保險(xiǎn)柜只是誤會(huì)。孫晨出獄后立刻被科技公司接走，該公司總裁也信守承諾，從國(guó)外進(jìn)口藥物為孫曉萌穩(wěn)定病情，并把孫曉萌送去福利院照顧。

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之后的一年里，孫晨都軟禁在秘密試驗(yàn)室，沒(méi)日沒(méi)夜的工作，只盼著早日研發(fā)成功，早日接女兒回家。只是他研究的藥品并非公司所要求的，而是用于治療孫曉萌的特殊藥物。當(dāng)藥物研發(fā)成功，孫晨就與女兒約好一起離開(kāi)綠藤市。到了約定日期，孫晨利用化學(xué)知識(shí)，炸毀試驗(yàn)室，制造混亂出逃。

孫曉萌滿懷希望，等著父親來(lái)接自己。可偏偏孫晨開(kāi)車(chē)駛過(guò)路口時(shí)，因后面有科技公司打手追趕，方向控制不穩(wěn)撞翻了垃圾桶。張海峰上班路上恰好撞見(jiàn)，立刻加大油門(mén)追了上去。快到火車(chē)道口時(shí)，后方車(chē)輛撞擊孫晨的后輪。孫晨車(chē)輛失控，被火車(chē)撞飛，張海峰下車(chē)想救人，卻已為時(shí)太晚。孫曉萌遠(yuǎn)遠(yuǎn)的看到了這一幕，在她幼小的心靈里，認(rèn)定是張海峰害死父親。仇恨的種子，從此埋在了心底。

一場(chǎng)誤會(huì)，讓孫曉萌產(chǎn)生了錯(cuò)誤的念頭。為了不讓孫曉萌雙手沾染鮮血，趙彬彬做了所有臟活。最后，他投身江水之中，清洗身上的罪孽。為了讓孫曉萌忘卻仇恨，劉雨奇舍棄了生命。

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而所有的所有，不論張海峰的家庭慘劇，還是孫曉萌為父報(bào)仇，都只是劉雨奇進(jìn)行的一項(xiàng)記憶療傷實(shí)驗(yàn)。每當(dāng)記憶陷入危機(jī)時(shí)，所有記憶就會(huì)重置，在新的人生中尋找解決困苦的方法。得知一切真相后，作為第一批志愿者，張海峰中止了實(shí)驗(yàn)。他要回到2004年的現(xiàn)實(shí)中去，在一次次人生抉擇中，選擇最正確的那一項(xiàng)。

(全劇終)