曼哈頓區的發生嚴重車禍，貨運卡車撞進大橋底座，造成人員死傷。斯科蒂沒想到這種事竟然會驚動中情局，害得自己一大早就要趕往現場。抵達現場后，斯科蒂才知道底座下別有洞天，是中情局設在國內的黑監獄，關押的都是從各國抓來的被俘人員。中情局內部稱這個機密項目為“達文波特行動”，具體實施是由一家私人公司負責，目前公司執行人杰克正在轉移囚犯和監獄內的所有監控攝像設備。事故中有五人越獄，斯科蒂的任務就是秘密找回這些混入曼哈頓街區的囚犯，避免公眾恐慌。

根據杰克提供的資料，逃脫的五人中，除了一名美國黑客，其他幾人都是聲名狼藉的恐怖份子。斯科蒂安排杜蒙特調取各街口的監控錄像；內斯回車禍現場查找蛛絲馬跡；湯姆則與國安局聯系，以潛在國家安全威脅為由，對整個曼哈頓地區實行封鎖。做好布置后，斯科蒂回到小會議室，還有更重要的事要處理。曾為霍華德工作的資深間諜帶來了更多的資料，證明克里斯多夫還活著，有法院公文證明他被弗蘭克和伊娃收養。躲在門外偷聽的湯姆背后直冒冷汗，這正是養父母的名字，只要斯科蒂打個電話，就能發現湯姆的身份。

這時，在現場調查的內斯發來消息，肇事卡車有人為加固的前保險杠，可以肯定事故是精心預謀的。從小會議室出來的斯科蒂立即命令湯姆和內斯前往醫院，提取肇事司機口供。但做賊心虛的卡車司機在逃跑途中被撞身亡，失去了一條重要線索。

杜蒙特截獲到一條報警電話，也算是為抓捕工作提供了新的線索。報警人稱有人闖入，闖入者穿著監獄常用的灰色連體衣。湯姆和所羅門立刻行動趕在警察前到達報警人所住公寓。公寓里除了已被捆住手腳的報警人，還有三人，正是要找的逃犯。以湯姆和所羅門的身手，制服這三人并不困難。困難的是怎么對付已到門口的警察，中情局在境內設立黑監獄屬于違法行為，絕不能讓外界知道。湯姆便假冒報警人，想支開警察。可兩名警察執意進屋確認安全，屋內的所羅門靈機一動，穿上灰色連體衣，拿起水管旁的扳手，假裝水管工。見到警察進門，所羅門抱怨湯姆因為他的黑人身份就報警，是種族歧視。湯姆大聲反駁，吵得不可開交。警察最怕遇到這種扯皮事情，也不再到其他房間檢查，趕緊走人了事。

越獄的五人中已抓到三人，還必須加快進度。曼哈頓的封鎖狀態已經引起了媒體的關注，正在向政府施壓，要求公開封鎖的具體原因。越獄的幕后策劃者到底是誰，還要從剩下的兩名逃犯里尋找。就在斯科蒂布置調查工作時，湯姆有些心不在焉。他聯系了父親霍華德，一找到機會就趕到公園與父親見面。湯姆擔心自己的身份曝露，霍華德卻表現得毫不在意，只是一味追問湯姆是否聽到斯科蒂提到過“懷特廳”。見湯姆過于緊張，霍華德索性直接告訴他策劃越獄的幕后黑手就是逃犯之一的布萊恩·梅休，那名美國黑客。

湯姆還沒來得及詢問詳細情況，霍華德就離開了公園。回到公司后，湯姆謊稱有匿名線人通報是布萊恩策劃了越獄。這讓斯科蒂很訝異，調查資料的確顯示是布萊恩通過網絡向卡車司機匯錢。只不過湯姆那幅吞吞吐吐，眼神游離的表情讓斯科蒂起了疑心，私下安排所羅門退出抓捕逃犯的任務，轉而對湯姆進行秘密調查。

布萊恩曾組織過黑客聯盟，攻擊政府機構竊取機密信息是家常便飯，有能力策劃襲擊黑監獄也并非不可能。鑒于布萊恩的背景，杜蒙特想到了自己的弟弟弗林，一名激進的黑客份子。于是杜蒙特來到弟弟常去的小飯館，在索要布萊恩下落無果后，再返回車上。坐進車子時，他沒看到內斯在慌忙的擦拭著鼻涕，否則應當會想到內斯并沒有真正戒毒，而是在霍華德“死”后，再次復吸。杜蒙特從沒想過弟弟會親口告訴他布萊恩的情況，這次來只是為了打草驚蛇，弗林一定會在他離開后第一時間向布萊恩發出警示。果然，杜蒙特剛坐上車，移動記錄儀就收到弗林手機發出的信號，撥打號碼清楚的顯示在屏幕上。

根據手機號碼追蹤，湯姆和內斯很快就追查到一處隱蔽的公寓。但公寓里除了幾臺電腦，其他空無一物。電腦屏幕上是某豪華酒店的內部監控，電腦硬盤上還有一名住客的錄像。通過聯系酒店前臺，知道這名住客叫阿德勒，剛剛因心臟病送往了醫院。看來已經被布萊恩搶先了一步，湯姆和內斯趕到醫院，從阿德勒夫人的口中得知阿德勒到紐約是為了參加七人組的鑰匙儀式。對這個儀式，杜蒙特非常清楚。七名隨機選擇的網絡安全員掌握了七把網絡公鑰，每年四次聚首生成新的網絡密鑰，以防范黑客等不法份子。誰掌握了密鑰就相當于掌握了整個網絡，可以在網絡里為所欲為，進入所有網站盜取信息。現在阿德勒發病，那接替他參加鑰匙儀式的人就有重大嫌疑。

湯姆和內斯火速前往儀式地點，正好抓到布萊恩利用密鑰入侵網站，下載其中的資料。從網站名稱，杰克確認是公司用于備份國安局資料的不公開服務器。但布萊恩并沒有想逃走的意思，將資料復制到U盤上后平靜的交給了湯姆，他要證明自己是被國安局構陷入獄。

凱特也帶來了好消息，一名逃犯在機場被抓，加上正被湯姆押送回哈爾西恩的布萊恩，五名逃犯全部抓獲。可就在押送途中，湯姆的車輛遭到不明武裝份子襲擊。湯姆和內斯押著布萊恩被迫在一家倉庫里周旋。在成功引開襲擊者并擊斃一人后，湯姆和內斯開著襲擊者的車輛，總算安全回到了哈爾西恩。

根據布萊恩的供述，當年他被指控在網咖內向伊朗發送美國導彈設計圖紙，純屬捏造罪名。國安局每天都會利用黑客技術通過攝像頭收集影像，布萊恩下載的就是當天網咖內的場景。在反復觀看了網咖里的情況后，內斯驚訝的發現被自己擊斃的襲擊者也出現在其中。這種巧合不能不讓人產生懷疑，進一步調查發現此人是隸屬于杰克的公司。陷害布萊恩的不是國安局，而是杰克。面對這些證據時，杰克矢口否認，可馬上就露出了馬腳。湯姆從被擊斃的襲擊者身上拿到了手機，悄悄回拔上一次通話后，杰克的手機果然響了起來。杰克并不知道自己派去的人已經死亡，還低聲下令撤退。當電話那頭傳來湯姆的聲音時，杰克徹底傻了眼。即使他辯稱自己的行動是為了讓國家提高對網絡安全的關注，只是這樣的說辭并不能幫助他免除牢獄之災。

布萊恩洗刷了冤屈，公司也完成了任務，從中情局取得了可觀的報酬。但斯科蒂卻高興不起來，就在湯姆出生入死時，她滿懷希望的拜訪弗蘭克和伊娃。事情往往是希望越大，失望就越大。看到照片里，孩子脖子上有塊克里斯多夫沒有的胎記，斯科蒂的心情瞬間跌入谷底。作為女人她需要有人傾述。特雷弗就是這方面最好的男公關，斯科蒂每每有不順心的時候，都會去找善解人意的特雷弗。但她并不知道英俊帥氣的特雷弗與助理凱特有私情。

斯科蒂不知道的事并不限于特雷弗，還有為她提供資料的間諜其實仍在為霍華德工作。湯姆在霍華德家里見到他時，心里就是暗暗吃驚。難怪霍華德不擔心斯科蒂調查克里斯多夫，他早就安排好了這一切，用張假照片讓斯科蒂的希望破滅。直到這時湯姆才能放下心里的大石頭，了解一下霍華德所說的“懷特廳”。原來霍華德曾在無意中發現公司預算里有個“懷特廳”的秘密項目，項目所在地是遠在南非的倉庫。在派人前往后，發現倉庫空空如也，像是事先得到通知已全部轉移。霍華德找過特工調查，結果特工神秘消失。從那以后，斯科蒂就開始排擠霍華德，并極力在董事會面前證明霍華德無法勝任工作，直至采取暗殺，制造飛機失事。所以霍華德把調查“懷特廳”的希望都放在了湯姆身上，只要湯姆贏得了足夠的信任，就能從斯科蒂的口中得到“懷特廳”的真相。