為了阻止魔彈之射手制定的日本再啟動計劃，折原瑪雅不惜犧牲了自己的生命，臨死之前，瑪雅說出了一個很大的秘密，她把“第三個皇帝”的真實身份告訴了藤丸和音彌，它就是破壞力最強、最惡毒的氫彈，通稱“沙皇炸彈”，一旦這顆炸彈在東京引爆，那么后果實在不堪設想。藤丸和音彌很清楚，他們無論如何也要調查出結果，不僅僅為了死去的瑪雅，也為了拯救很多人的生命。經過調查他們發現，一個叫做“教授”的男人掌握了“沙皇炸彈”，以及聯絡魔彈之射手的關鍵鑰匙，他們按照瑪雅留下的線索來到橫濱一家店，向一位看起來像店主的男人請教，問他是否認識一個叫教授的人。一番調查詢問之后，藤丸和音彌終于來到了教授的住處，他們利用教授家的電腦終于查出了“沙皇炸彈”的所在位置，藤丸馬上聯絡加納，告知他所查到的結果，于是THIRD-i的成員們火速趕往現場，確認集裝箱中的東西究竟是不是“沙皇炸彈”。