醫院全體醫護人員都在黨旗軍旗下宣誓，誓死報效祖國人民，唯有林子陽一人準備離去。

于恬恬跑到林子陽家里，抱住林子陽哭著求他不要走，林子陽想起了作為一個軍人的天職，聽著窗外同事們的宣誓，林子陽決定留下和同事戰友們一起抗擊非典病毒，他打電話退了飛機票。

林子陽跟著于恬恬回到醫院里，大家正忙碌地準備著迎接第一批非典病人的到來。

陳海峰帶著小雨到了醫院外觀望，小雨看見媽媽在里面宣誓，大叫著叫著媽媽就要沖進去，被門外的警察擋在外面，陳海峰看見冷玉萱即將用面臨生死的威脅，心情格外緊張和擔憂。

冷玉萱遇見林子陽，林子陽告訴他自己又決定留下了，冷玉萱告訴他這是很危險的，一定要想好了再做決定。

院長打電話給劉主任，告訴他林子陽又回來了。沒等院長開口，劉主任搶先說出這個危機時刻主任還是由我來擔任吧。院長同意了劉主任的請求，同時囑咐劉主任一定要把林子陽保護好，要他活著回來，醫院的后期建設還要靠他，劉主任雖說心里不痛快，還是滿口保證會保護林子陽的安全。

劉主任召開戰前第一次全體會議，宣布自己任主任負責病區內的治療工作，由冷玉萱配合他的工作；林子陽為副主任在病區外負責內勤工作，林子陽提出異議，劉主任告訴他軍人的天職就是服從命令，林子陽無奈只得聽從劉主任的分配。

陳海峰把小雨接到別墅去住，看見楊娜小雨質問陳海峰她為什么住咱們家。陳海峰回答說楊娜阿姨家被隔離了沒有地方住，暫時住在家里。小雨不高興的走進了別墅，陳海峰叮囑楊娜千萬不能在孩子面前說漏了他和冷玉萱離婚的事情。

這場特殊的戰役終于打響了第一槍，第一批病人終于在大家的焦急等待中送到了藍天醫院。大家爭先恐后上前搶救病人，林子陽也想沖上去幫助救治病人，被劉主任推了回來。

林子陽趁劉主任消毒的機會向劉主任申請上戰斗第一線為病人做手術，劉主任為保護他回絕了他的請求。

劉主任累的坐著就睡著了，林子陽關切的問劉主任想吃什么為他去準備，劉主任告訴他只想睡覺，兩個小時后叫醒他。林子陽見劉主任累成這樣，心里深深的為劉主任感動。

于恬恬每天看著搶救無效的病人一個個被抬出去，心里壓力越來越大。她跑到林子陽面前，哭著向林子陽訴說了心里的恐懼，林子陽安慰她，并告訴她如果她染上病毒了，自己一定會陪著她。于恬恬開心的笑了。

病魔瘋狂的奪走了一條又一條鮮活的生命，身邊的同志也一個個倒下了，甚至犧牲。面對死亡，冷玉萱給大家做了一次生動的心里工作。

劉主任終于累倒了，林子陽臨時頂上作為主任帶領大家繼續作戰。

冷玉萱動員大家不要害怕，不要恐懼，要勇敢面對。林子陽表示前段時間想過要離開，因為累和危險，但是這一刻他想留下來，并肩和同志們戰斗在一起。感受著死亡的威脅，他也鼓勵大家不要害怕，不要氣餒。同志們擁抱在一起，喊著口號發誓都要活著出去。