“科警研”為犯罪搜查的進步做了很大的貢獻，警察廳副長官川瀨要三為了表彰他們即將到來。可是，九十九為首的科警研成員在門口準備迎接他的時候，副長官卻在他們眼前被人用來福槍擊倒。雖然警察立刻封鎖了附近的大樓，進行警戒，可是還是讓犯人逃脫了。九十九在狙擊現場發現了用血寫上X的手絹，突然意識到這時“給大家的挑戰書”。

另一天，這次輪到原警視廳搜查一課刑事部長的眾議院議員尾崎幸平被人誘拐。而尾崎的車上也留有相同記號的手絹。警察因此斷定這也是射殺副長官的兇手所為。犯人發表聲明“48小時以內將對尾崎行刑”可是…！？而且，隨著時間的流逝，第三起誘拐時間又將發生……