故事開場緊接著第一集的結尾,“金剛狼”羅根為了找回自己過去的記憶離開了X教授的學校,隱姓埋名前往艾卡里湖(Akali Lake)工業中心;另一邊,人類議會正忙于重建在變種人大戰中受到重創的自由女神像;萬磁王則繼續在X教授精心打造的塑料監獄中服刑。從表面上看這個世界似乎漸漸回復了正常,但是X戰警們沒有察覺到,在這個世界的黑暗深處,新的陰謀正在悄悄臨近,包括富有正義感的X戰警在內的變種人。在普通人眼中代表著社會新物種對舊人類的挑戰與威脅,因此他們必須在充滿歧視和敵意的環境里掙扎求存。人類總是對比自己強大的事物懷有戒心,變異人就面臨這種情況。雖然在第一集中,變異人在X教授的指揮下,將邪惡的萬磁王打入冷宮,但是依然得不到社會的承認。在一次政治要人遭到暗殺后,所有的矛頭又一次指向變異人。這一次,X教授也感到壓力大增,以致于跟美國總統都要就此事進行磋商。一個擁有很高聲譽的前將1軍,率領著反對變異人的一聯盟連續對x教授施壓。萬磁王在這種情況下,不得不尋找與X教授聯手抵抗前將軍的方式。金剛狼的身世也將在本集中進一步揭開。